Corregir factura sin IRPF - Autónomos

Hola soy nuevo autónomo. Tuve que hacer factura de un servicio profesional a primeros de julio, por importe de 1.200 € IVA incluido,  y el pasado día 21 me di de alta en autónomos. Aquella primera factura la hice a una empresa, pero sin descontar el IRPF, ya que no lo sabía y un amigo me dijo que no pasaba nada. Ahora tengo que hacer más facturas y claro, si aquella fue la 001, no sé si puedo empezar a facturar con el software que tengo de facturación con otra 001 a otro cliente, pero entonces la primera se quedaría sin declarar... Estoy bastante confuso, alguien me puede ayudar?
Muchas gracias.