Si la presentaste telemáticamente con el siguiente procedimiento:
a) Autoliquidaciones a ingresar cuyo pago total o el correspondiente al primer plazo no se realiza mediante domiciliación bancaria: (17)El declarante se pondrá en comunicación con la Entidad colaboradora por vía telemática, de forma directa o a través del portal de la Agencia Estatal de Administración Tributaria en Internet (mediante firma electrónica), o bien acudiendo a sus oficinas, para efectuar el ingreso correspondiente y facilitar los datos relativos a dicho ingreso.La Entidad colaboradora, una vez contabilizado el importe, asignará un Número de Referen-cia Completo (NRC) asociado al ingreso efectuado.Posteriormente, el declarante se conectará con la Agencia Tributaria, bien a través del portal de Internet, de la Agencia Tributaria, en la dirección electrónica "http://www.agenciatributaria.es" o bien directamente en la dirección "https://www.agenciatributaria.gob.es" y procederá a:1. Seleccionar el fichero con la declaración del IRPF a transmitir.2. Suministrar el Número de Referencia Completo (NRC) asociado al ingreso que haya sido asignado por la entidad colaboradora a la declaración a transmitir.3. Generar la firma electrónica y, en el caso de declaración conjunta del IRPF, además, la del cónyuge.4. Transmitir a la Agencia Tributaria la autoliquidación completa con la firma o firmas electrónicas.
Es como si la hubieses presentado presencialmente en una entidad colaboradora y por lo tanto no podrás cambiar el nº de cuenta del 2ª plazo.
Por contra si la presentaste sin utilizar el NCR debería dejarte cambiar la cuenta de domiciliación a no ser que la declaración sea conjunta.
Saludos.