Eso sucede porque tu proveedor y tu teneis distinto "trato fiscal"; buscate un proveedor que retenga o hazte SL, y ya no tienes ese problema.
De todas formas, es lo más normal del mundo... Partiendo de la base que te retienen un 21% de tus ingresos (nada de los gastos), y tu margen de beneficio es 10%; lo normal es que tengas que adelantar, no es una sorpresa.
En el ejemplo, el IVA apenas afecta a la caja, ya que la lo que cobras lo pagas exceptuando el IVA del beneficio. Lo que afecta es la retención como ya mencioné, que también se "regularizaría" trimestralmente (pongo comillas porque trimestralmente se ajusta para retenerte el 21% de los beneficios, en lugar de ser sobre ingresos, pero luego en la Renta no tiene pq coincidir el 21% logicamente y se regulariza ya definitivamente).
Edito: En el ejemplo es 0.25 (200/800) el margen, perdón. Como es 21% retención; en caja sólo te quedas temporalmente con el 25% margen - 21% retencion =4% del coste (0.04*800=32€). En la declaración trimestral, te devolverían hasta cobrarte el 21% del beneficio y saldar el IVA. Si quieres prever la caja todo mediante unas fórmulas (para Excel, ...) en base a la facturacion y margen de beneficio (entre parentesis los numeros con los datos del ejemplo):
1) Antes de la declaración trimestral:
Caja = Facturación*(Margen-IVA)/(Margen+1) (1000*0.04/1.25=32€)
(para no complicar la formula asumí para esta que Retencion=IVA, sino sería Caja=F*(1+IVA-R)-F*(1+IVA)/(M+1))
2) En la declaración trimestral:
IRPF: Retencion*Facturacion/(1+Margen) (0.21*1000/1.25=168€ a cobrar)
IVA: -IVA*Facturacion*Margen/(1+Margen) (-0.21*1000*0.25/1.25=-42€ a pagar)
Total declaración devolución a favor:
Facturacion*(Retencion-IVA*Margen)/(1+Margen) (1000*(0.21-0.21*0.25)/1.25=126€ a cobrar)
Total caja en este punto (Beneficio - 21% del beneficio):
Facturacion*(1-Retencion)*Margen/(1+Margen) (1000*0.79*0.25/1.25=158€ que coincide con 126+32)
3) Para la declaración anual de la renta:
Te han retenido hasta la fecha (21% del beneficio):
Retención*Facturacion*Margen/(1+Margen) (0.21*1000*0.25/1.25=42€)