No tienen la misma consideración. Las operaciones con bonos generan rendimientos positivos o negativos de capital mobiliario en el momento que se amortizan, se canjean o se venden.
A ver si acierto con un ejemplo sencillo que se pueda asemejar a tu caso. Si tienes unos bonos convertibles en acciones con precio de adquisición 1.000 y con precio de canje de 900 tendrás un rendimiento negativo de capital mobiliario de -100.
Si posteriormente esas acciones que te adjudicaron por 900 las vendes por 700, tendrás un pérdida patrimonial de -200.
A nivel global tu "pérdida" total ha sido de 300 (100 de rendimientos negativos y 200 de pérdidas patrimoniales). Las pérdidas que puedes compensar con la ganancia del inmueble son 200 (los correspondientes a la operación de la venta de las acciones). Suponiendo claro está que entre la fecha del canje de los bonos por acciones y la venta posterior de estas últimas haya transcurrido más de un año.
Los rendimientos negativos de capital mobiliario de la primera operación ( canje de bonos por acciones por importe de 100), no los puedes compensar con ganancias patrimoniales de la venta del inmueble, sino con rendimientos positivos de capital mobiliario que hayas obtenido. Como te dije en mi otro comentario, por ejemplo con dividendos de acciones, intereses de depósitos...
Saludos.