Pues si tu intención es alquilarlo yo no daría de baja la declaración del IVA sino que iría presentándolo trimestralmente porque si te das de baja parece que luego hay mucho papeleo para darse darse de alta.
Te lo digo porque mi tía está en la misma situación que tu madre y ella llevaba años sin alquilarlo (y sin intención de hacerlo) pero no dio de baja el IVA porque luego si se quería dar de alta había que aportar muchos papeles, hasta que al final se decidió por hacerlo en vista de que no alquilaba el local.
Cómo lo tienes que hacer no lo sé, ella simplemente acudió a Hacienda y allí le dieron de baja.
De todas formas, te paso la pregunta al hilo de fiscalidad, que puede que allí te ayuden más.
Saludos.