Si presentaste ambas declaraciones en el mismo dia y marcando la casilla de "solicitud de suspension del ingreso......." .
La declaracion de tu esposa queda a CERO (anulan la devolucion) y la tuya sale a pagar la diferencia entre 465 menos 259.
Si asi fue presentada , suelen enviar una aceptacion de esta compensacion, a la declaracion a devolver y tu recibiras el cargo por la diferencia.
Cuando dices que la diferencia entre los "Datos Fiscales" y tu declaracion presentada corresponde a la venta de acciones, estran diciendo que solo aparece en los "Datos Fiscales" el valor de venta y tu has debido de completar la informacion, con el valor de adquisicion para declarar la plusvalia/minusvalia correspondiente.Pero si lo declaras.
Los tranmites de la AEAT son impredecibles, si el 30 de Junio te cargan la diferencia, es que estan admitidas como compensación.
Saludos