Obligación modelo 115

Hola, os cuento un problema que tengo:
Di de alta a un autónomo el 2 de mayo y le di de alta la obligación del modelo 115. Al ver las facturas para hacer el trimestre veo que no pagan alquiler hasta julio, con lo cual no tenían que estar dados de alta del 115 hasta el 1 de julio. Y mi problema es: si hago un 036 dando de baja la obligación desde el 2 de mayo, me van a sancionar por fuera de plazo, si hago un escrito explicando la situación no se que pasará si no presento el modelo y no han contestado el escrito. Yo se que en mi antigua asesoría hubiéramos presentado un 115 a pagar de un mes de retención y lo hubiéramos descontado del de tercer trimestre. ¿que pensáis?.
Gracias