Como bien dice Art_madd, estrictamente criterio FIFO, artículo 37.2 de la Ley del IRPF:
"2. A efectos de lo dispuesto en los párrafos a), b) y c) del apartado anterior (en este paréntesis me permito añadir a título personal que esos apartados hacen referencia a valores negociados en mercados oficiales, valores no negociados en mercados oficiales y participaciones en IIC), cuando existan valores homogéneos se considerará que los transmitidos por el contribuyente son aquéllos que adquirió en primer lugar. Asimismo, cuando no se transmita la totalidad de los derechos de suscripción, se entenderá que los transmitidos corresponden a los valores adquiridos en primer lugar.
Cuando se trate de acciones totalmente liberadas, se considerará como antigüedad de las mismas la que corresponda a las acciones de las cuales procedan."
Y es así independientemente de dónde estén depositadas. Ejemplos hay muchos, y complicados todo lo que quieras. Por poner uno, compro hoy a través del banco A 100 acciones de X, compro mañana a través del banco B 50 acciones de X y pasado mañana vuelvo al banco B y vendo las 50 acciones compradas. Fiscalmente he vendido 50 acciones de las compradas por el banco A y en cartera mantengo 100 acciones, 50 en A y 50 en B.
Y tratándose de acciones negociadas en mercados oficiales de la Unión Europea hay que tener cuidado con las compras realizadas en los dos meses anteriores y en los dos meses posteriores a una venta con pérdidas, puedes caer dentro de la normativa antiaplicación. Si se trata de otro tipo de acciones el período es un año antes y un año después de la venta con pérdidas.
Saludos.