Discrepo (levemente) de lo manifestado por el forero batiscafo. La importacia de una exención para que una factura no lleve IVA no es ni para el cliente, ni para la hacienda receptora. A fin de cuentas, la hacienda alemana estará feliz de que tu factura NO sea deducible (será deducible la autofactura, por inversión del sujeto pasivo, que realice la empresa cliente). Lo importante es que base legal tienes tú, como proveedor, para dejar de ser recaudador de impuestos de la hacienda española. Y eso solo lo justificas mediante el precepto legal español.
La Directiva europea (que batiscafo citaba muy correcta y adecuadamente) es simplemente eso, una "Directiva", que por tanto, debe ser transpuesta al ordenamiento legal de cada pais. Es diferente de los Reglamentos europeos, que son de aplicación legal directa.
Para la hacienda española, si en tu factura "te sacas" de recaudar IVA en base a un precepto legal extraño (la mención a ese artículo de la Directiva), NO estarás cumpliendo con la totalidad de los aspectos formales, y por tanto, se podría entender que deberás liquidar ese IVA, recaudado o no.
Otra cosa es que desde Alemania puedan desconocer la ley española (igual que nosostros desconocemos la correspondiente alemana), y como sea cual sea la ley en cada pais, no es más que la transposición de un mandato de una Directiva, si en la factura, ADEMÁS de la mención formal a la Ley 37/1992, añades "por cortesía" esa otra mención, tu cliente quedará más tranquilo y satisfecho.
Es como si además del castellano (u otra lengua co-oficial en España), utilizas el alemán (o inglés) en tu factura, a efectos de claridad.
Pero... que tengas muy claro que la exención de IVA desde España solo tiene amparo legal por el art. 25 de la LIVA, tal y como correctamente reflejabas. Evidentemente ese art. 25 es la transposición española del 138 de la Directiva.
la plus belle des ruses du Diable est de vous persuader qu'il n'existe pas!