Parece que ya está aclarado el tema: era el aplazamiento de la devolución de IVA. El caso curioso es que no compensan de forma inmediata la cantidad restante por pagar sino que compensan cada plazo cuando cumple. Es decir, si tu último plazo es en diciembre, hasta diciembre no compensan y, por lo tanto, no te devuelven el importe restante.
Solución: ir a una administración de Hacienda, pedir carta de pago por deudas pendientes (aunque esté concedido el aplazamiento se considera deuda en Hacienda.), realizar el pago y volver a la administración para que registren ese pago. En unos días os diré si ha servido de algo.