Suponiendo que sea correcto que quien vende lo haga dentro del ámbito de ITP-AJD (y no de IVA), la base imponible, de conformidad con el artículo 10 de la Ley de ITP-AJD (refiriéndonos a Transmisiones Patrimoniales Onerosas en este caso) es el "valor real del bien transmitido" (que podrás acreditar por cualquier medio válido en derecho en caso de que este sea cuestionado).
La base imponible de este impuesto es ciertamente incierta y será más o menos cuestionable según la realidad de la cantidad declarada y, sobre todo, de la voracidad de la hacienda autonómica que corresponda a este caso. Ten la cautela de poder acreditar bien la cantidad que declararás, si bien seguro que tu CC.AA. estará encantada de que declares por encima de la tasación de tu banco (si bien, consciente del bajo valor de tasación que estas entidades dan, dudo que aceptase tal valor sin cuestionarlo).
Un saludo,