Las facturas emitidas a los clientes con la Retencion, que reduce el importe a pagar, es el cliente el que debe ingresar esas retenciones deducidas en las facturas en la Hacienda, mediante el Modelo 111 y al final del año en un Modelo Informativo el 190, se informa del NIF o DNI de los destinatarios de las retenciones ingresadas anteriormente.
Por tanto la AEAT tiene esta informacion y la incorpora en la Renta Web.
Si no esta incorporado es porque el cliente no ha realizado los ingresos de las retenciones o no ha informado en el Modelo 190 de los destinatarios de estas retenciones.
Tienes que comunicarte con los cliente y decirles que les fanta aguna de estas operaciones con los Modelos 111 u 190 , para que lo rectifiquen y la Hacienda te incorpore las retenciones deducidas en factura.
Saludos