Grado discapacidad renta erróneo - Deducción por discapacidad

Buenas tardes, mi padre tiene la gran invalidez absoluta desde año 1991 (es prácticamente ciego, de un ojo no ve nada y del otro como mucho un 10%), siempre hemos indicado en la casilla de la renta la clave 3 ya que por su discapacidad entendemos que es el que le corresponde, pero le acaba de llegar una pararela de 2015 indicando que en su registro que les consta en hacienda es grado 2.Que podemos hacer? Como podemos demostrar que hacienda tiene mal informaco este dato? Tienen 10 días para presentar alegaciones

El informe médico al ser de 1991 indica las deficiencias visuales comentadas (ceguera total) pero no asigna ningún grado (por lo que he visto el BOE donde se aplican estos grados es del 1999), entendiendo que la Seg Social debería haber trasladado correctamente el grado en función de la información de que disponen, pero supongo que al ser tan antiguo no se ha trasladado bien... 

Agradecer vuestra ayuda

Deduzco de tu correo que a tu padre se le concedió una pensión por gran invalidez en 1991 y tenéis los informes médicos que sirvieron para reconocer dicha pensión. 
En el IRPF, ese tipo de pensiones se asimila a una discapacidad del 33%.
Pero el grado de discapacidad lo reconocen actualmente las Comunidades Autónomas (antiguamente sería el IMSERSO), y es un proceso distinto, en el que se acaba emitiendo una resolución en la que se determina el grado de discapacidad. Si en esta resolución se fija un grado superior o igual al 65%, entonces se puede marcar esa opción en el IRPF.
Adicionalmente, otra vía admitida en el IRPF es una resolución judicial declarando a una persona incapaz para obrar con nombramiento de tutor. En este caso, se asimila a un grado de 65%.
Y aunque aquí no aplique, hay aun otro tema distinto que es la "dependencia", que requiere otro proceso administrativo distinto.

Es decir, incapacidad a nivel de pensiones, discapacidad (aunque se incluya en el IRPF la asimilación del 33%) y dependencia son 3 conceptos distintos.
Por ello, si lo que tienes es la documentación de la solicitud de la pensión de incapacidad, a tu padre le van a poner el 33%; para el 65% deberíais haber realizado el trámite adicional con Imserso o Comunidad Autónoma.

https://www.agenciatributaria.es/AEAT.internet/Inicio/_Segmentos_/Ciudadanos/Discapacitados/Definicion_y_acreditacion_de_la_discapacidad_.shtml

muchas gracias por su ayuda
entonces en caso de que no haya tramitado el certificado del grado de discapacidad (física) y/o dependencia, por desconocimiento ya que en el 1991 a él le dijeron que tenía el grado máximo de discapacidad (pero claro igual no sabía que son 2 cosas diferentes, uno tema laboral y otro tema físico a efectos de hacienda)

habría alguna manera de que legalmente se pueda alegar que con este informe médico del 1991 donde se informa de la discapacidad (ceguera) a efectos de irpf se puede considerar que tiene un grado de discapacidad superior al 65%? 

dudo que Hacienda te lo vaya a admitir pues van a interpretar la ley literalmente, y si no hay una resolución de discapacidad superior al 65%, van a decir que no. Podrías chequear con la Comunidad Autónoma si existe algún proceso de "homologación" con la documentación antigua que tienes, pues si pedís ahora el reconocimiento de un grado de discapacidad, valdrá a futuro cuando se lo reconozcan.
En cualquier caso, la normativa que citas del 99 indica que se homologaban los certificados de minusvalía anteriores a la entrada en vigor:
" Quienes, con anterioridad a la entrada en vigor de este Real Decreto, hubieran sido declarados minusválidos en un grado igual o superior al 33 por 100 con arreglo al procedimiento establecido en el Real Decreto 1723/1981, de 24 de julio, y disposiciones de desarrollo, incluidos los supuestos de reconocimiento de grado por homologación de las situaciones de invalidez declarados por la Seguridad Social, no precisarán de un nuevo reconocimiento. Ello sin perjuicio de las posibles revisiones que, de oficio o a instancia de parte, sea procedente realizar posteriormente. "

Si no tienes nada de reconocimiento de minusvalía, porque se trata de reconocimiento de la pensión, creo que no te va a valer en ningún caso.