Al ser un contrato por cubrir una baja no tiene derecho a indemnización por despido que yo sepa. Es un contrato temporal que se acaba cuando se acaba el motivo que generó ese contrato (la baja). Entonces la persona a la que pertenecía el puesto se reincorpora y a ella no es que la despidan, es que su contrato se ha acabado.
Tiene derecho, lógicamente a que le paguen los días que ha trabajado ese mes. Tiene derecho además a la parte proporcional de la paga extra según convenio por los días trabajados y a que le paguen las vacaciones no disfrutadas correspondientes a los días que ha trabajado.
A mi la vez que hace muuuuchos años cubri una baja de maternidad me pagaron en la nómina, no firme un finiquito como tal. Me enviaron un papel diciendo que tal día finalizaba mi contrato y la liquidación me salió directamente en la nómina de aquel mes. Todo estaba correcto. Si esta bien calculado y bien documentados los conceptos no es necesario un documento "extra". La empresa puede sencillamente enviarte una nómina con conceptos: " Días de vacaciones no disfrutados", " Parte proporcional pagas extras", etc.
Saludos