Te iniciaron un procedimiento de comprobación porque algo no les cuadraba; te hicieron un requerimiento pidiendo documentación; con lo que aportaste, te mandaron una propuesta de liquidación con lo que te corresponde de acuerdo a tu situación real, que claramente no era la que pusiste en tu autoliquidación; has aceptado esa propuesta; en consecuencia, estás diciendo que lo que declaraste tú no era correcto y, por tanto, se ha tramitado tu renta, pero "no conforme a los datos" que tú declaraste en tu autoliquidación, sino conforme a los datos que constan en la propuesta de liquidación que tú has aceptado.
En resumen: que ya han finalizado el procedimiento de comprobación, y por eso te dice que tu renta se ha tramitado; que el procedimiento ha finalizado con un resultado diferente al que tú pediste en tu autoliquidación y por eso pone que no termina conforme a tus datos declarados; y que, en unos días, tendrás la devolución que sí te corresponde en tu cuenta y una carta de liquidación provisional donde vendrá tu declaración bien hecha (guárdala, porque, el numerito de una casilla que te pedirán para acceder el año que viene será el que conste en esa declaración, y no el de la que hiciste tú, que ya no sirve para nada).
Lo más seguro es que ahí acabe todo; pero también cabe la posibilidad, aunque remota, de que te inicien un procedimiento sancionador por haber solicitado un dinero al que no tenías derecho; en ese caso, la carta te llegará más tarde.