Son procedimientos diferentes: el procedimiento de devolución tiene 6 meses para resolverse desde el dia siguiente a la finalización del plazo voluntario de presentación de la declaración (el 01 de julio); por eso, si te hacen la devolución después de esos 6 meses (después del 02 de enero) sin que haya habido ningún movimiento durante ese tiempo, por los días transcurridos desde la finalización del plazo de 6 meses te pagan intereses.
Pero si, mientras está ese procedimiento de devolución en marcha, se inicia un procedimiento de verificación de datos, o uno de comprobación limitada, sobre tu declaración (porque la Administración considere que no está bien hecha), el procedimiento de devolución se da por finalizado y comienza el plazo de ese nuevo procedimiento, que es de 6 meses desde la fecha en la que te notifican la primera comunicación de ese nuevo procedimiento (un requerimiento o una propuesta de liquidación, según el caso). Sólo si, al finalizar ese nuevo procedimiento, se comprueba que tu declaración estaba bien tal y como la presentaste (o que estaba mal, pero eso no afecta al resultado), se te seguirán pagando intereses si ha pasado el 02 de enero. Si, por el contrario, el procedimiento termina con una liquidación (un resultado menos beneficioso para ti que el que pedías), no hay intereses. Y sí, posiblemente, una sanción por haber intentado quedarte con un dinero que no te corresponde.
Pero, en realidad, pocos procedimientos de gestión suelen tardar 6 meses en resolverse; por complicados que sean, generalmente en 2 ó 3 meses están resueltos.