No todas las Comunidades Autónomas tienen una deducción propia por adquisición de vivienda habitual. Y de las que la tienen, casi seguro que pocas o ninguna tienen la misma regulación. Cuando alguien se refiere a una deducción autonómica, es indispensable decir de qué Comunidad se trata.
La respuesta es sí, con carácter general, si cumples los requisitos de la deducción (en tu ejemplo, si es vivienda protegida, si entras dentro de la condición de joven, si cumples los límites de renta, etc.). Los gastos de notaria sí pueden incluirse, salvo que estén expresamente excluidos. El IVA correspondiente a la compra de la vivienda va incluido en el precio final de ésta, sobre el cual pedirías tu préstamo hipotecario, por cuyas cuotas te quieres deducir. No creo que hicieras un pago específico del IVA separado del pago de la vivienda. ¿Te refieres a otro IVA?