Hola,
Por lo que entiendo de tu menaje -corrígeme si me equivoco-, desde que adquiriste la vivienda no te has empadronado en ella hasta 3 meses antes de comenzar con los trámites de divorcio. Llegado a este punto, te indico, para que tú decidas si procedes con la aplicación de la exención o no en la declaración.
El extremo de considerar una vivienda como “habitual”, debido a que intentas aplicar un beneficio fiscal a tu favor, es una cuestión de hecho que, mediante las pruebas pertinentes, debes poder demostrar a Hacienda en el caso de que te requiera (quizás ni lo considere necesario y nuca lo haga antes de que prescriba el derecho a comprobar).
Te indico, como ejemplo (sé que no es tu caso) en la deducción por vivienda habitual (la cual requiere que se resida en la vivienda que está gravada con la hipoteca deducible), si la AEAT -que conoce el dato- no detecta consumo de electricidad, notifica liquidación en la que no considera que el contribuyente no puede aplicar la deducción por no residir en la vivienda. Y todo ello, a pesar de que se le aporte un certificado de empadronamiento, ya que, según su interpretación, declarar ante el Ayuntamiento que se reside en un determinado domicilio no prueba en absoluto que eso sea así.
Por tanto, visto esto, a pesar de la ausencia de empadronamiento, y si te requieren dicho justificante, puedes utilizar lo que te he expuesto como argumento (otra cosa es que consigas que acepten las alegaciones y no solo tienes el reintegro de la ganancia no tributada al considerar la exención aplicable en tu caso). Pero si no lo hacen, tienes que recurrir ante el TEA y posteriormente ante la jurisdicción contencioso-administrativa si no obtiene resolución favorable en el primero para ver si ellos si consideran procedente y anulan la actuación de la AEAT.
Ahora bien, a tu favor figura el extremo de que, como supongo que esa vivienda habrá sido efectivamente habitada, el dato de consumo que se remite anualmente por las compañías a la AEAT (ya que existe una obligación de intercambio de información mediante declaración informativa) revelará un indicio de la efectiva consideración de vivienda habitual, mientras que, por el contrario, no sé hasta que punto la AEAT tiene acceso a los datos padronales.
Así, suponiendo que esa residencia efectivamente ha sido habitada, en principio el empadronamiento no debería ser ningún problema porque es la propia Admón. la que no lo considera como prueba válida. Al menos cuando es a favor del contribuyente, si es a su favor quizás sí le den una validez absoluta, lo que te obligaría a recurrir el acto para reclamar la deducción (como te he iniciado antes).
Espero haberte aportado información esclarecedora que te ayude a decidir,
Un saludo.
