La cuestión tiene su complejidad y no sé si sabré explicártelo bien.
Esa reducción del 30% por rendimientos irregulares se tiene en cuenta para determinar la base para calcular el tipo de retención (art. 83.1 y 83.3.a del Reglamento IPRF). Esa base comprende las retribuciones anuales a considerar con las especificaciones del art. 83.3.
Una vez determinada esa base, y considerando el mínimo personal y familiar (art.84) se calcula después la cuota (anual) de retención (art. 85) y luego se calcula el tipo de retención (art.86). Obviamente, en tu caso, ese tipo debiera ser menor que el que hubiese correspondido de no haber tenido en cuenta la reducción del 30% para calcular la base.
El tipo de retención es el que se debería haber aplicado a todas las retribuciones que vayas percibiendo de tu empresa a lo largo del año 2023 -incluido el total de la indemnización- pero seguramente no habrá sido así porque a principio de año, cuando se hace el primer cálculo del tipo, la empresa no conocía el importe de esa indemnización, posiblemente no conocía ni que ibas a prejubilarte. Al hacerte la liquidación de que hablas, la empresa habrá hecho una regularización de las retenciones de IRPF, de la que habrá obteniendo el tipo de retención que te ha aplicado en la liquidación final. El tipo de retención se aplica sobre la cuantía total de retribuciones que te abonen, incluida por tanto la totalidad de la indemnización de mutuo acuerdo (art. 80.1). Aunque no es fácil apreciarlo, el beneficio de la reducción viene por el resultado de un importe/cuota anual de retención menor que el que hubiese correspondido de haberlo calculado con una base en la que no estuviese minorada la reducción. No tiene pues el tratamiento de una renta exenta, sobre la que no se aplica retención.
La única forma de que examines si la retención es correcta, o al menos aproximadamente correcta, es ir a las cifras anuales de retribuciones, gastos deducibles S.S., y reducción por rendimientos irregulares, en el simulador de la Agencia tributaria para las retenciones del trabajo (en tu caso, serán las cifras correspondientes al periodo que te pagará la empresa). Allí obtendrás el “importe anual de las retenciones e ingresos a cuenta”, que deberás comparar con el total que te ha practicado la empresa en las diferentes nóminas y liquidaciones que te haya abonado en el año 2023.
Verás que este simulador, en el apartado de “datos económicos”, tiene una casilla para “Reducciones por irregularidad (Art. 18.2 LIRPF)”.
En cualquier caso, el arreglo de cuentas final con Hacienda será la declaración de renta del ejercicio 2023, en cuyo apartado de rendimientos del trabajo tendrás que consignar por una parte la totalidad de retribuciones, incluido el total de la indemnización, y por otra el importe de la reducción del 30% sobre la indemnización/rendimiento irregular Si tu empresa te ha retenido en exceso, te saldrá a devolver más o a pagar menos.