Depende de si estáis o no en gananciales.
Si estáis en gananciales (y las acciones son gananciales), entonces da igual con qué cuenta recompres las acciones, que te aplicará la regla de los 2 meses a la totalidad de la pérdida.
Si por el contrario estáis en gananciales pero las acciones son privativas o estáis en separación de bienes, entonces la regla anti-aplicación de los 2 meses solo aplica parcialmente (ya que generas una perdida a medias en la cuenta común, entiendo que Hacienda no puede impedir que tu mujer se aplique su mitad de la pérdida si el que recompras acciones eres tú a través de tu cuenta individual).
Te advierto que es una interpretación mía. No sé seguro si Hacienda tiene la misma interpretación.