Problema de fiscalidad con mismo fondo duplicado en dos comercializadoras

¡Hola! Dejo esta cuestión a ver si alguien me puede echar una mano... Actualmente tengo un par de fondos Vanguard Glbl Sh-Tm Bd Idx Inv EURH Acc y Vanguard Euroz InfLnk Bd Idx Inv EUR Acc, y tengo ambos duplicados tanto en R4 como en MyInvestor ya que forman parte de mi cartera activa y de mi cartera indexada.

Un forero me indicó que si se tiene un mismo fondo duplicado en dos comercializadoras, a la hora de hacer traspasos en teoría hay que contabilizarlos al aplicar la regla FIFO como si fuesen un solo fondo y podría ser que en un futuro Hacienda me haga una reclamación ya que las comercializadoras no sabrán de la existencia del otro fondo.

Mi objetivo de tener el fondo duplicado es porque forma parte de las carteras con importes diferentes (hago aportaciones periódicas y rebalanceos para mantener el % de RV-RF) y no conté con este tema de fiscalidad cuando lo contraté. ¿Se os ocurre cómo podría solucionar este lío? Si traspaso el segundo duplicado a otro fondo, como un Amundi para tener fondos diferentes en las dos carteras, a la hora de hacer el traspaso entiendo que lo harán mal porque MyInvestor no tomará las participaciones antiguas de la primera copia del fondo en R4, como debería, y si lo hiciese bien me descuadraría los importes que tengo en las dos carteras :(

¡Muchas gracias y felices fiestas!

No deberías duplicar fondos, es la única opción.
Yo haría una prueba, primero tener un desglose detallado de todas las aportaciones en ambas comercializadoras. 
Miras donde está la aportación más antigua, pongamos que sea en Renta 4.
Entonces haces un traspaso simbólico en MyInvestor (donde NO están las aportaciones más antiguas).
Para que fuera correcto deberían desaparecerte las participaciones más antiguas en Renta 4, dependiendo de lo que suceda, sabrás el calibre del lío que tienes.

Se me ocurre si una solución podría ser "reintegrar" los fondos, traspasando de MyInvestor a los fondos en R4. La cuestión es que he hecho algunas aportaciones a los de R4 con posterioridad a los de MyInvestor y entiendo que ese orden no se va a respetar al reintegrar todas las participaciones. No sé si hay alguna forma de solucionar esto, enviando a R4 la fecha de las participaciones en MyInvestor cuando solicite el traspaso... o si me estoy preocupando sin motivo y nadie me va a reclamar por esto... La cuestión es que ahora no son importes super altos pero no me gustaría tener problemas de aquí en X años. La solución última supongo que sería reembolsar ahora las participaciones de MyInvestor pero tendría que pagar plusvalías y no era el objetivo de esto.

Mi propuesta para cada uno de los 2 fondos que mencionas (asumiendo que no quieres reembolsar nada):

Para el segundo fondo, una alternativa es éste, aunque no sé si lo tendrás disponibles en tus comercializadoras: iShares Euro Government Inflation-Linked Bond Index Fund.
Para el primero no sabría decirte.

Ahora que pienso, Renta4 trabaja con Allfunds y MyInvestor con Inversis, es posible que no sea tan grave.
Yo lo que haría es, como sugiere @pvila314 , hacer un traspaso de uno de ellos a uno análogo. Al estar en Allfunds / Inversis puede que no se te mezclen las participaciones.
Tendrás que hacer la prueba, pero no tardaría mucho en eliminar las duplicidades.

Indicas que las aportaciones a R4, han sido posteriores a las de Myinvestor.

Entonces debes eliminar las de Myinvestor, puesto que son las mas antiguas.

Como te indican los compañeros, puedes hacer un traspaso a un fondo similar. Para que tu cartera siga funcionando como habías deseado. No hace falta que liquides el fondo. 

Traspasa directamente de uno a otro. Y no aflorarás la plusvalía que mencionas.

El problema no está en mantener el fondo duplicado. El problema sería al liquidar. Deben salir primero las mas antiguas. Y si te equivocas y liquidas las mas recientes, es cuando tendrías problemas. 
Por eso lo mejor es no tenerlo duplicado y evitar confusiones. 

Un saludo.

Gracias en primer lugar a todos por los comentarios.

La cuestión creo que es complicada, intento aclararla...

Las participaciones más antiguas del fondo las tengo en R4 (copia "A"). Con posterioridad (12/7) abrí el mismo fondo en MyInvestor (copia "B") como un traspaso interno proveniente desde otros fondos de R4 diferentes (entiendo que esto no afecta a esta cuestión). Con posterioridad a esto suscribí participaciones adicionales en el fondo de R4 (copia "A"), el 23/7.

Si traspaso la copia "B" a la "A" entiendo que las participaciones del "B" aparecerán como las últimas suscripciones del "A" por fecha, pero en realidad deberían figurar como anteriores a las que existen del 23/7, ya que se suscribieron el día 12/7 en la copia "B".

Como para realizar la transferencia a R4 se trata de un cambio de comercializador y hay que enviar un formulario, solo se me ocurre indicarles el problema para que a la hora de registrarlas tengan en cuenta la fecha origen de suscripción en la copia "B", lo que no sé siquiera si es posible :(.

Discrepo.
El hecho de que las participaciones del fondo en MyInvestor no las adquirieses con dinero fresco sino por traspaso, es muy relevante. La fecha fiscal de adquisición de esas participaciones (copia "B") corresponde a la fecha de compra de los fondos origen en los traspasos. Habría que ver si esas fechas son anteriores o posteriores a las de compra de la copia "A".
Si entras con tus credenciales de MyInvestor en la web de Inversis, podrás ver exactamente la fecha fiscal de todas las partidas vivas de la copia "B".

Si traspasas el fondo a un único comercializador, las participaciones se "ordenarán" según su fecha fiscal (la de los fondos originales).

Cuando se hace un cambio de comercializador, el comercializador de destino recibe toda la información de las partidas vivas del fondo traspasado (de entidad). Creo que no debería haber ningún problema.

¡Gracias! No había caído en que al traspasar los fondos las participaciones en el destino se van a ordenar por la fecha de suscripción inicial en términos fiscales y no por la del momento en que se efectúa este último traspaso, así que entiendo que solo tengo que traspasar los fondos duplicados a R4 y asunto arreglado.

Muchas gracias por tu ayuda :).