Hola,
Una vez calculada la cuantía de la pensión bruta anual -es decir, reduciendo la misma con el porcentaje de penalización correspondiente y en 14 pagas- a la hora de calcular la retención correspondiente, el hecho de estar casado sólo afecta si tu mujer percibiera unos ingresos inferiores a 1.500€ anuales, sin contar las rentas exentas (como puede ser la pensión de Incapacidad Permanente en grado de absoluta). En ese caso, los ingresos a partir de los cuales se empieza a retener es mayor y además en algunos casos puede experimentar una reducción el porcentaje de retención. Por tanto, el grado de la discapacidad de tu mujer no te ayuda a que te retengan menos, solo depende de sus ingresos totales anuales.
Sin embargo, a la hora de realizar la declaración de la renta, quizás sea más conveniente presentar la modalidad conjunta (debido a la existencia de una reducción y de un aumento del mínimo personal y familiar), pero esos "beneficios" no se pueden alcanzar por adelantado, mes a mes, si no que hay que esperar a realizar la declaración. Así, si el resultado de dicha modalidad -conjunta- es favorable, pues se os devolverá lo que se os haya retenido en exceso.
Además, en la declaración (no antes) si tu mujer no tiene ingresos superiores a 8.000€ -sin computar las rentas exentas- y ninguno de tus hijos convive con vosotros o si lo hace, no está de alta en la SS -trabajando-, puedes beneficiarte de una deducción en el IRPF que te permitirá obtener una devolución directa de 1.200€, pero supongo que esta ya la conocerás, porque esta se puede aplicar por la minusvalía de tu mujer si no ella se supera límite de ingresos, independientemente de que estuvieras tú jubilado o no, y por tanto supongo que ya la conocerías y te habrás beneficiado de ella en años anteriores si cumplías los requisitos.
Un saludo,