Muchas gracias por tu respuesta.
Paso por aquí a dejar la resolución que he encontrado a mi problema.
Motivado por tu respuesta he entrado en el programa PADRE e intentado modificar la declaración ya presentada anteriormente. En principio me ha dejado.
Entiendo que las modificaciones que se deben realizar son:
1-En el apartado de "Declaración Complementaria" marcar la casilla 120, pues la declaración complementaria no se corresponde con ninguno de los apartados 121, 122, 123 y 124 estipulados por la administración.
Al cumplimentar dicha casilla también se debe poner en la casilla "Devoluciones acordadas por la administración" el monto devuelto de la declaración original del 2012.
2-En la página 13 "Calculo del impuesto y resultado de la declaración", se debe colocar en las casillas 724 y 726 las deducciones estatales y autonómicas, realizadas en las declaraciones de la renta 2009, 2010 y 2011.
3-En el Anexo A1 "Deducción por inversión en vivienda habitual", eliminar los valores correspondientes a las "Cantidades depositadas en cuenta vivienda" para que no se hagan deducciones en el año 2012.
4-En la página 14 "Regularización mediante declaración complementaria", veremos en la casilla 762 el monto que originalmente nos devolvió hacienda en la declaración del 2012.
En esta misma página, en la casilla 765, veremos el monto total de todas las deducciones realizadas (2009 al 2012) y que es el monto final a devolver.
Al ser el monto a devolver, el monto total de las deducciones, entiendo que los calculos están correctos. Si detectáis algún error en mis cálculos, postearlo para futuras referencias en el foro.
Ya comentaré si el sistema me permite presentar la declaración telemáticamente.
Un saludo, y muchas gracias.