Intentaré explicarme con un ejemplo. Vamos a suponer que hace 25 años la vivienda valía 100 y que tu madre tenía 60 años. Ella en ese momento se reserva el usufructo y os vende la nuda propiedad. El usufructo se valoró como el 29% (89 - 60) del valor de la vivienda, es decir 29 (0,29 x 100) y lo transmitido se valoró por 71 (100 - 29). Y liquidastéis el impuesto correspondiente (el de transmisiones patrimoniales). Pero esto no es tu problema ahora, 25 años después.
Cuando fallece tu madre, los nudos propietarios percibís en herencia ese usufructo, consolidando el pleno dominio de la vivienda. Vamos a suponer que en el momento de fallecimiento de tu madre la vivienda vale 300, por lo que en el impuesto correspondiente (ahora es el de sucesiones, no el de transmisiones patrimoniales) tenéis que incorporar el valor del usufructo, 87 (0,29 x 300).
El impuesto de sucesiones se liquida en la comunidad autónoma de residencia del fallecido en el momento de devengo, en tu caso Madrid, y existe un plazo de 6 meses desde la fecha del óbito. Quizás de ahí el escrito de la oficina liquidadora, aunque por tus comentarios parece que este escrito es incorrecto, hace referencia a un impuesto de transmisiones que no se corresponde para nada con el caso.
Entre los que perciben ese usufructo están los herederos de tu hermano, aunque no se "arreglasen" los papeles, tema que os recomiendo realicéis.
Saludos.