La comisión por novación es una comisión de "segunda división" por así decirlo. Solo entra en juego si en la vida de tu hipoteca hay que realizar una modificación (novación) en tu hipoteca: plazo o interés principalmente. En la práctica si tienes que hacer una novación, primero tienes que negociarla con el banco y si el banco accede se hace la novación. Por tanto, es fácil que negocies que no se aplique esta comisión para poder novar. Como de todos modos el banco es el que decide novar o no tu hipoteca, el efecto de esta comisión es secundaria. Yo no la valoraría a la hora de elegir hipoteca.
Debe de existir dos tipos de comisión de subrogación: la de deudores (vendes el piso a un tercero) y la de acreedores (te cambias de banco). Es raro que no haya constancia de ellas. Si es así y es una hipoteca nueva, entonces la comisión de subrogación de acreedores es la que dicta la ley: 0,5 antes de los 5 años y 0,25 después. Bueno, pensándolo mejor, creo que si dice claramente que la comisión de cancelación es cero la comisión por subrogación de acreedores se entiende que es cero. Sí, seguro.
Espero que recomiendes la respuesta si te ha servido y la agradezcas públicamente (Es que muchas veces los que preguntan ni se dignan en decir gracias).