Si el inmueble no es muy antiguo era previsible que fuera ilegal ,visto lo visto... ¿Que puede pasar? Si ha prescrito la infracción urbanística no os lo pueden derribar. Deberías de mirar si es zona es de expecial protección porque, de ser así, creo recordar que no prescribe... La vivienda y el pozo lo puedes registrar en el Registro de la Propiedad, solo te hace falta un arquitecto, notario y €€€. Seguirá fuera de ordenación urbanística , eso sí...
¿justo el precio? Depende del lugar donde esté...
Ten en cuenta que luego si quieres hacer reformas , ampliaciones y demás cuestiones que necesiten de licencia municipal vas a tener problemas, como que te la deniegen...