Hola,
En primer lugar, como bien se te ha indicado, es legalmente obligatorio que el vendedor -en este caso- obtenga por su cuenta y coste -excepto pacto en contrario- el certificado energético de la vivienda y lo proporcione al comprador para que el Notario pueda autorizar el otorgamiento de la Escritura. Sin embargo, si el propuesto por la inmobiliaria no es de tu interés, puedes buscar libremente otro externo que te convenga más por el motivo que sea. Ten en cuenta que si te proporcionan factura es un gasto deducible en la declaración de la renta, a la hora de minorar la ganancia patrimonial que puedas obtener por la transmisión del inmueble.
Pero, como muy bien dices, el técnico a quien se contrata para el servicio queda obligado a visitar el inmueble para realizar la Certificación solicitada, no pudiendo realizar la valoración de manera "no presencial". Sin embargo dicha exigencia debe ser cumplida por el profesional en cuestión, pudiendo entonces contratar a quien mejor consideres y sin ser tú en ningún caso responsable de que el certificador no cumpla con referida obligación, recayendo únicamente en él la posible sanción que le pudiera imponer la Administración competente por incumplimiento de la normativa al respecto.
Espero que así te haya quedado más claro,
Un saludo.