No, el Banco de España solo considera mala práctica si la cuenta responde a por ejemplo el cargo de la hipoteca únicamente sin mas, o para el abono de intereses de unos depósitos a plazo, pero si hay operativa habitual, como tú indicas la pueden cobrar, y dificilmente conseguirás nada con una reclamación, solo lo conseguirías si la oficina accede, pero es voluntario.
http://www.bde.es/webbde/es/secciones/servicio/reclama/criterios/comis_dep.html
Copia de la parte del texto que interesa en tu caso ......
Comisión de mantenimiento y administración
En cuanto a las comisiones de mantenimiento y administración de cuentas, el Servicio considera que existe una prestación que legitima a las entidades para cobrar comisiones por estos conceptos y dichas comisiones han de considerarse aceptadas por el cliente mientras subsista el contrato.
En los casos de cobro de comisiones por servicios que venían prestándose de forma gratuita y cuyo coste no se preveía en los contratos, el servicio considera que es incorrecto proceder a su adeudo si las entidades no realizan una notificación previa a los interesados para comunicárselo.
En efecto, parece lógico exigir una comunicación previa al cuentacorrentista en la que se le indiquen las nuevas condiciones que van a aplicarse a la cuenta, de modo que, una vez conocidas, pueda obrar en consecuencia, optando por continuar o no con la relación contractual.
La Comisión de Administración generalmente está vinculada al funcionamiento de la cuenta, es decir, al uso que se haga de ella. Se establece como el pago de una cantidad fija por cada apunte que se realice durante el periodo de liquidación. Es común excluir de su aplicación un número determinado de apuntes (por ejemplo los diez primeros) o un tipo (excluir todos los ingresos en efectivo).
Esta comisión es compatible con la de mantenimiento.
Comisiones de mantenimiento en cuentas vinculadas a otra operación de activo o pasivo
El Servicio considera que cuando las cuentas se mantienen por imposición de la entidad o cuando son utilizadas exclusivamente para abonar los intereses de un depósito o para dar servicio a un préstamo hipotecario no corresponde a los clientes correr con los gastos de ninguna comisión por mantenimiento o administración.
Ciertamente, tales situaciones conducen al absurdo de que el cliente tenga que pagar por cumplir una obligación -como la apertura de una cuenta para facilitar la gestión de la entidad- que la propia entidad le impuso en interés propio, lo cual es claramente contrario al principio de reciprocidad y a las buenas prácticas y usos bancarios