Como comprador te corresponde pagar (salvo que hubieseis pactado otra cosa):
Notario
Registro de la propiedad
Impuesto de Transmisiones Patrimoniales
Impuesto de Actos Jurídicos Documentados
Honorarios de la gestoría que tramite todo lo anterior
De todo esto debes tener las correspondientes facturas y el resguardo de las liquidaciones de los impuestos. Lo normal es que primero se haga la provisión y cuando termine todo el papeleo, se devuelva lo que sobre o se cobre del cliente lo que falta, que es esto último es lo que dices que te ocurrió.
Comprueba si las cantidades que te han cobrado cuadran con los justificantes que tengas y si no es así, ve a la oficina y que te lo aclaren.
Saludos