Por un lado debes calcular la diferencia entre el coste de adquisición de las subordinadas y el de su "venta" (conversión). Para calcular el valor de su "venta" tienes que calcular el número de acciones que te dieron por 1,35266266 (te hablo del caso Bankia/Bancaja).
Luego, si has vendido las acciones declaras un valor de adquisición igual al de "venta" de la subordinada y un valor de venta el que corresponda según el precio de venta de las acciones.
A todo esto le añades las comisiones de compra / venta / canje.
En este documento puedes encontrar este el tema del precio a usar.
http://www.frob.es/notas/20130417_resolucion.pdf
Ojo, que la "venta" de las subordinadas se declara en la casilla 25 (hablo de memoria) y el de las acciones sería una ganancia o pérdida patrimonial en menos de un año (si hubieses vendido el año pasado) y no se compensan entre sí.