Hola, creo que no entiendes la diferencia entre mercado primario y secundario. Voy a ver si lo puedo explicar.
Inicialmente, el emisor vende bonos, comprometiéndose a devolver el dinero en cierta fecha y pagando un cupón periódico. Todo esto es al nominal, o sea al 100% (hay papel que se emite con descuento, pero no vamos a entrar en eso ahora).
Los que han comprado los bonos, luego los pueden vender en el mercado secundario al precio al que alguien se los compre. Ahí ya la cotización irá variando, por oferta y demanda. Y el emisor no entra ahí para nada.
El emisor sigue con su compromiso de pagar el cupón y devolver el principal a quien tenga el bono, independientemente del precio al que lo haya comprado en el mercado secundario. El emisor entonces paga siempre el cupón al 100%, y cuando amortiza devuelve el dinero que le dieron inicialmente por los bonos (el 100%).
Hay veces, si ha bajado mucho la cotización, en las que el emisor hace ofertas de amortización anticipada a un precio menor del 100%. Los poseedores de bonos no están obligados (aunque a algunos les podría interesar, si has comprado a 50 y te amortizan a 80 es un pelotazo!). Esto ha ocurrido en las preferentes, que son perpetuas, no tienen fecha de amortización.
Los bonos pueden tener un CALL, que es una fecha en la que el emisor tiene la posibilidad (pero no la obligación) de amortizar anticipadamente al 100% sin que los tenedores de bonos puedan rechazarlo. Si existe esto ya se conoce desde el principio.
Otra cosa, no todos los bonos pagan siempre el cupón. Las condiciones para pagarlo o no están definidas al hacerse la emisión (en el folleto), pero a grandes rasgos: bonos senior pagan siempre, bonos subordinados no pagan si la empresa tiene pérdidas aunque te los deben (con ciertos límites) y preferentes no pagan si la empresa tiene pérdidas, pero no te los deben.
Espero haberte ayudado.