En la web de la aeat lo dice claro, la declaración complementaria es solo cuando el error es a favor de hacienda, si es a favor del ciudadano hay que hacer la rectificación de la autoliquidación:
Qué hacer si he presentado un borrador o declaración con errores en los datos declarados?
Si el contribuyente advierte errores u omisiones en los datos declarados, una vez presentado el borrador o la declaración del IRPF, el cauce para la rectificación de las anomalías es diferente, dependiendo de que los errores u omisiones hayan causado un perjuicio al contribuyente, o a la Hacienda Pública.
Errores en perjuicio del contribuyente:
Si el contribuyente declaró indebidamente alguna renta exenta, computó importes en cuantía superior a la debida u olvidó practicar alguna reducción o deducción a las que tenía derecho, podrá solicitar en la Delegación o Administración de la Agencia Tributaria correspondiente a su domicilio fiscal la rectificación de su autoliquidación, siempre que la Administración no haya practicado liquidación provisional o definitiva por ese motivo, y que no haya transcurrido el plazo de cuatro años (a contar desde el día siguiente a la finalización del plazo de presentación de las declaraciones, o bien, si la declaración se presentó fuera de ese plazo, desde el día siguiente a la presentación).
Es conveniente que haga constar claramente los errores y que acompañe justificación suficiente de los mismos.
Errores en perjuicio de la Hacienda Pública:
Los errores u omisiones en declaraciones ya presentadas que hayan motivado la realización de un ingreso inferior al que legalmente hubiera correspondido o la realización de una devolución superior a la procedente deben regularizarse mediante la presentación de una declaración complementaria a la originalmente presentada. Para ello puede utilizarse el programa PADRE.
Cómo y cuándo se presenta una declaración complementaria?
Los errores u omisiones padecidos en declaraciones ya presentadas que hayan motivado un ingreso inferior o una devolución superior a la procedente, deben regularizarse mediante la presentación de una declaración complementaria a la originariamente presentada.
También deben regularizarse mediante complementaria, las pérdidas del derecho a reducciones o exenciones aplicadas en declaraciones anteriores.
Por el contrario, la pérdida del derecho a deducciones se regularizará en la declaración correspondiente al ejercicio corriente, con los correspondientes intereses de demora.
En los datos fiscales que comunica la Agencia Tributaria, se comunican de forma separada los rendimientos del trabajo en concepto de atrasos, que deben regularizarse mediante la presentación de declaración complementaria.
Para confeccionar una declaración complementaria, se necesita una copia de la declaración o del borrador del ejercicio al que se imputan las rentas.
Instrucciones:
Descargue el programa de ayuda del año que le interese en “Descarga de programas de ayuda”.
Introduzca en el programa todos los datos de la declaración/borrador presentado en su día y los nuevos rendimientos imputados.
Marque la casilla que corresponda: 120, 121,122 o 123 y consigne la cantidad ingresada en su día o la devolución obtenida.
Compruebe los datos. En la casilla 765 encontrará el resultado de la declaración complementaria.
Plazos de presentación de declaraciones complementarias por percepción de atrasos de rendimientos del trabajo.
Deberá presentarse autoliquidación complementaria entre otros supuestos, cuando, por circunstancias justificadas no imputables al contribuyente, los rendimientos derivados del trabajo se perciban en períodos impositivos distintos a aquéllos en que fueron exigibles. Dichas cantidades deberán imputarse a los períodos impositivos en que fueron exigibles, practicándose, en su caso, la correspondiente autoliquidación complementaria.
Dicha autoliquidación complementaria, que no comportará sanción ni intereses de demora ni recargo alguno, se presentará en el plazo que media entre la fecha en que se perciban los atrasos y el final del plazo inmediato siguiente de declaraciones por el IRPF.
Así, si los atrasos se perciben entre el 1 de enero y el inicio del plazo de presentación de la Declaración de IRPF 2012, la autoliquidación complementaria deberá presentarse en dicho año antes de finalizar el plazo de presentación de declaraciones del ejercicio 2012 (hasta el 1 de julio de 2013), salvo que se trate de atrasos del ejercicio 2012, en cuyo caso se incluirán en la propia declaración de dicho ejercicio.
Si se perciben con posterioridad al inicio del plazo de presentación de la declaración de Renta 2012 en adelante, la autoliquidación complementaria deberá presentarse en el plazo existente entre la percepción de los atrasos y el final del plazo de declaración del ejercicio 2013.
Los plazos de presentación de declaraciones complementarias por otros supuestos distintos al de percepción de atrasos los puede encontrar en la página 652 y siguientes del Manual de IRPF 2012.