La gestoría es la responsable. A ver si puedes conseguir los documentos de orden de encargo, en los que autorizabas que la gestoría cancelara las hipotecas. En el Registro estarán, imagino.
Te he puesto dos enlaces que tratan el tema. En google pon "tratamiento fiscal", rehabilitación, "vivienda habitual".
Se habla de rehabilitación, no de reforma, aunque entiendo que es lo mismo.
http://www.injef.com/revista/irpf/dcvivhab.htm
http://www.garrigues.com/download/Consultorio%20Inmobiliario%209-3-2001.pdf