Si emites recibos B2B, los plazos de devolución se reducen a 2 días y por tanto creo que el riesgo de devolución se reduce.
Los B2B son para transacciones con empresas, a lo mejor te interesa preguntar en tu banco.
Saludos.
En el tema de la prorrata no te puedo ayudar, pero en el caso del recargo de equivalencia no puedes deducirte nada ya que no puedes presentar nada tampoco (no declaras IVA porque ya lo declara el proveedor por ti, el IVA se considera "mayor gasto").
http://www.infoautonomos.com/informacion-al-dia/fiscalidad/recargo-de-equivalencia/
http://www.agenciatributaria.es/AEAT.internet/Inicio_es_ES/_Segmentos_/Empresas_y_profesionales/Empresarios_individuales_y_profesionales/IVA/Regimenes_de_tributacion/Regimenes_especiales_para_empresarios_individuales/Regimen_especial_del_recargo_de_equivalencia.shtml
Échale un vistazo a http://www.agenciatributaria.es/AEAT.internet/Inicio_es_ES/_Segmentos_/Empresas_y_profesionales/Empresarios_individuales_y_profesionales/IVA/Regimenes_de_tributacion/Regimenes_especiales_para_empresarios_individuales/Regimen_especial_del_recargo_de_equivalencia.shtml
"Se define el contrato de puesta a disposición como aquel celebrado entre la ETT y la empresa usuaria con el objeto de ceder al trabajador para prestar servicios en esta última, y se podrá concertar en los mismos supuestos, bajo las mismas condiciones y requisitos y con la misma duración que los contratos de duración determinada que la empresa usuaria podría celebrar conforme a lo dispuesto en el Estatuto de los Trabajadores."