La deducción a la que te refieres es del 20% de las cantidades destinadas al alquiler, y tiene como máximo 840 €/año. Por lo que no podrás deducirte más que eso. Además, sólo se aplica a los contribuyentes cuya renta no sea superior a 25.620 euros en tributación individual o a 36.200 en tributación conjunta.
No es posible cambiar la modalidad de tributación para un mismo periodo impositivo, por lo que la declaración complementaria del ejercicio 2013 debes hacerla también conjunta, modalidad que elegiste para el periodo impositivo 2013. Para posteriores periodos impositivos sí que se puede modificar la modalidad de tributación y volver a elegir la que más te convenga.