0.- Las opciones son SL o como personas fisicas (comunidad de bienes), y en ambas teneis que ser autonomos. Si no os importa responder a deudas o reclamaciones con vuestro capital personal, escogeria sin duda la segunda opcion. Hay mucha documentacion al respecto que puedes mirar, pero la comunidad de bienes es mas rapido, barato, mejor fiscalmente especialmente al principio, y más cómodo (menos papeleos y costes gestoria, manejo cómodo de las cuentas, ...) En ambos casos, todos debeis pagar cuotas autonomos.
1.- Dejando de margen la seguridad social, a Hacienda solo se paga por beneficios, y no todo es pagar jeje ya que como minimo os devuelven el IVA de los gastos (agua, luz, internet, equipos, ...). Alguna ventajita tenia que tener.
2.- Si eliges SL olvidate de dinamismo con el dinero... La SL es una "persona-robot" separado (con CIF en vez de NIF), y no puedes quitar/meter dinero sino es justificandolo (factura/nomina o reparto/ampliacion). Si sois autonomos, no tendriais que cambiar nada en vuestras cuentas (salvo crear una a nombre de todos que seria lo recomendable pero no obligatorio) y tendriais "total" libertad.
3.- Eliminando la palabra IVA en tu pregunta (el IVA no te afecta ni al pagar ni al cobrar), volvemos a lo mismo, hay que diferenciar:
A) SL. La SL es un ente aparte, que no paga IRPF (no es persona, ni esta casado/soltero, ...) pero si Impuesto de Sociedades. Cuando tiene beneficios a final del ejercicio/año, paga el Impuesto de Sociedades (20-25%). Lo que quede, sigue siendo de la empresa y no lo podeis sacar de ahí a menos que repartais beneficios. Al cobrarlo, cada socio, sí va a pagar IRPF por esos ingresos del año; por lo que practicamente pagas dos veces.
B) Autonomos. Aqui de forma trimestral, teneis que declarar los beneficios y pagar el IRPF correspondiente. Que no te engañe aquí que aunque se paga siempre el 20% de los beneficios, esto solo es una "retención", ya que si ganas mucho tu IRPF a final del año te puede salir 40% y por lo tanto, te llevas sorpresa en Julio...
4.- Si sois autonomos no os hace falta nominas, y ahorrais Seguridad Social tanto coste empresa como coste trabajador, y como dije a SS pagais la cuota fija de autonomo unicamente. Si sois SL, el dinero se puede sacar de las formas arriba expuestas, basicamente nomina o reparto, por lo que los impuestos a pagar son mas grandes con total seguridad hasta que por lo menos factureis 200.000€ anuales.
Mi opinion... Comunidad de bienes sin duda, y cogeros una gestoria que os pueda costar 50€/mes pero os va a dar tranquilidad, y depende de vuestros conocimientos ahorraros mucho dinero en problemas, tiempo y gastos que no contabilizariais por ejemplo. Si eres SL, ya minimo 80-100€ mensuales cobran la gestoria, y aumenta con nominas, etc...