Buenas a todos, acabo de hacer este trámite y no habia manera. Me daba el error del que habláis, error en la firma, he probado otro navegador, actualizar el autofirma, no habia manera.
No se si será vuestra solución pero la mía ha sido la siguiente:
El jodido número de referencia que te piden lo estaba poniendo mal. Cuando te descargas el justificante de pago (modelo 791) aparece un número en grande, arriba a la derecha y en negrita de 12 dígitos, pues bien, no es este.
Es abajo del todo (mejor dicho, arriba del todo en la segunda página), en ese sitio hay númerito, también de 12 dígitos pequeñito. Pues era ese número. Literalmente el número que te piden ni está en el modelo 791 en sí, si no en la segunda página que se generá.
Al poner el número correctamente, no he tenido ningún problema para solicitar el duplicado.
No se si será vuestro caso, pero así ha sido el mio, ojalá os sirva.