Las acciones (de bolsa, o de SICAVS, etc.), como valores mobiliarios, pueden negociarse a través de intermediarios financieros (bancos, brokers, gestoras etc.) o directamente entre particulares.
Por ejemplo: yo puedo intentar ir al MAB a vender mis acciones, o ir al Notario de la calle del lado con el comprador de la mano.
En ambos casos, la transmisión es legal. En el segundo caso, lo importante de cara a la agencia tributaria es disponer de un documento (escritura) donde conste recogida la transmisión (compraventa) por un precio X. Este documento da fe, con todos los efectos civiles (1.117 CC) de las partes, precio y la fecha de la transacción.
Posteriormente, debería ser el nuevo titular quien dirija una carta al domicilio social solicitando a los administradores/liquidadores que tomen razón de la identidad del nuevo accionista, pero esto último no tiene ninguna incidencia fiscal en tu caso.
Lo importante es disponer de un documento de transmisión de las acciones para justificar que las vendiste. ¿y si te preguntan por qué? Mira, pues hay mucha gente que compra NPLs, acciones de empresas ruinosas "just in case"...por si se recuperan ganar con la subida...pero eso forma parte de los motivos de la transacción. Como venta, legalmente es tan válida como la ejecutada por un broker.