Esto depende de cada entidad financiera, la verdad es que el comercio on-line es dónde se produce mayor fraude en este tipo de cobros, entonces cada entidad toma sus precauciones, las que cree necesarias, te pondré algunos ejemplos:
Bankinter por ejemplo incluso en comercio físico, te dan un límite de saldo acumulado, analizan a tu negocio como si le fueran a dar un préstamo, si no eres solvente no te dan ni el TPV, y cuando te lo conceden el límite es el límite.
Caixa Bank, en los primeros meses retiene el dinero,casi la totalidad, luego cuando va observando que el desarrollo del negocio, la utilización, etc.... va "soltando" retenciones, y llega a un punto que no retiene nada, cero .... por el contrario si no le gusta como se actúa, te lo cancela y en paz.
Esta entidad pone muchos problemas en TPV's que puedan cobrar por teléfono (cantando los dados de la tarjeta) al estilo delos hoteles en las reservas, este tipo de servicios en las maquinas, les pone muchos problemas.
En cuanto a virtual, yo tengo uno de la web profesional, el banco que nos lo gestiona, solo acepta a clientes conocidos y solventes (a su entender) te hacen un especie de cuestionario, revisan tu web y los importes que vas a cobrar, y en función de ello te hace retención, o en algunos casos pide que los socios les firmen una garantía personal, por si hay algún problema.
A otra que consulté antes de firmar con Banc Sabadell, de entrada pedían un depósito de garantía.
¿Y todo eso? pues con un ejemplo lo vas a entender, pongamos que mañana yo abro una tienda de venta de teléfonos móviles ... monto una SL con cuatro duros (3.000 €) que ni siquiera aporto, porque lo hago con muebles de despacho, un ordenador y no sé que más, y para no liarme yo, me busco a una persona que no tiene ni idea de las leyes españolas, como administrador de la empresa, y para firmar ante notario le daré 1.000 € .... candidatos voy a tener, ni lo dudes .................... y venga a vender por internet .... los clientes me compran porque soy la leche de bataro, iphones a 250 € cada uno y de último modelo, huelga decir que cobraré en VISA, pero no voy a mandar ni un jodido paquete a nadie, a este precio es imposible, me compran pongamos 200 en una semana x 250 = 50.000 € ..... nada, hago cheques, me llevo el dinero, cierro el chiringuito, y cuando los compradores hagan las reclamaciones, la empresa no tiene nada, una mesa de despacho, un par de sillas, un ordenador, dos armarios, etc., que vete a saber donde están, si alguna vez estuvieron en alguna parte, el ordenador si, porque hay que poner el número de serie en la escritura, pero ahora que el banco vaya a buscarlo, a ver si lo pilla, y además es un portátil averidado, que tiene un año medio,pero ya no hay garantía !!!! ... entonces el banco tendrá que devolver parte de los 50.000 €, no lo harán por las buenas, pero alguno de los compradores irá al juzgado y al final el banco tendrá que devolver ..... entonces solo le queda imputar al administrador de la empresa por estafa, pero da la casualidad de que el pollo que es administrador, era uno de nacionalidad rumana (por ejemplo) y firmó la escritura de constitución de la sociedad, pocos días antes de irse de españa, no tenía trabajo volvió a Bucarest ..., y yo fui la hermanita de la caridad que por una firma y media hora ante un notario, le pagó el billete de vuelta .... (con los 1.000 €, se sobró el 70%) pues anda y que lo busquen ahí !!!!!! yo en la sociedad esa ni figuro, pero de los 50.000, yo tengo 49.000 y el tipo de Bucarest los otros 1.000 !!!!!
Como puedes comprender, toman sus precauciones para que esto no les pase !!!!