Esto deberias de tratarlo con un asesor fiscal, para ver cual seria la mejor opcion. Mi opinion es que hagas dos comunidades de bienes independientes, una por el arrendamiento exclusivo de los locales, siempre y cuando sean proindivisos y otra por la actividad empresarial en este caso la explotacion agraria, que indudablemente si es actividad empresarial, tendrá que haber seguridad social por medio y luego por otro lado tienes independientemente de esto las viviendas (que no tienen IVA), cada uno su parte proporcional en declaracion de la renta. La otra opcion es englobar todo en una comunidad de bienes con actividad empresarial, que seguramente como te he dicho tendras que dar de alta alguna persona en seguridad social. Ten en cuenta que las viviendas si las alquilas como persona fisica tienen una serie de deducciones, que creo son el 50% de los rendimientos, algo que si declaras como actividad empresarial al incluirlas en la comunidad de bienes seguramente no puedas aplicar.
Te insisto que esto es mi opinion particular y te recomiendo que te pases por alguna Agencia Tributaria y te informes con un asesor fiscal, para que te haga calculos de cual seria la mejor opcion economica, pues es un poquito complejo tu asunto.
Te repito que esto solo es mi humilde opinion, para que te hagas una idea, pues yo no soy experto en la materia.
Saludos