Hola Ludwig87,
Desde mi punto de vista, lo que haría sería no decir nada de momento.
Entiende que si transmites a un responsable que quieres reducción de jornada para hacer cosas por tu cuenta, o emprender pueden pasar dos cosas.
1. Que el jefe sea enrollado y te permita hacer ese tipo de compatibilizaciones...sabiendo que los vas a dejar si tu negocio/idea va bien.
2. Que el jefe no sea enrollado y viendo tus planes, te diga "si" pero por otro lado ya te esté buscando sustituto porque sabe que tu compromiso para con la empresa no es muy alto que digamos. Como decían por ahí, nosotros estamos en el epígrafe de "gastos de personal" no de "inversion en personal". Pero todo tambien depende del jefe o responsable que tengas.
Si como dices, es ..."una actividad totalmente diferente y en efecto tengo contrato de confidencialidad que me impide trabajar para otros o por mi cuenta en la misma area"...ya tienes la respuesta.
Yo, empezaría poco a poco y echando horas extra por las noches y fines de semana en tu idea, y si ves que respira bien...vas dandole horas. Si la cosa va a mejor, reducción de jornada por motivos personales y a seguir comprometido con tu empresa propia, y con la empresa con la que trabajas.
Espero haberte ayudado,
Un saludo,