Son dos operaciones distintas y tratadas fiscalmente de forma diferente.
Primero,. El Canje de Bonos por Acciones , que es en el 2012 , tienes una ganancia/perdida en esta operación que declaras en este 2012 , consignando el importe con su signo positivo(Ganancia) o negativo(Perdida) en la casilla 026 del PADRE.
Si es una perdida, esta perdida se compensa en este mismo 2012 , con otras rentas del capital y si esta perdida superara las otras rentas del capital , te aparece en la Casilla 459 la cantidad que tendrás en cuenta para el próximo ejercicio, a incluir en la casilla 461.
Este pendiente de compensar lo puedes aplicar durante los CUATRO ejercicios siguientes al 2012, como rentas del capital.
Segundo.- Ahora tienes acciones adquiridas por el valor del canje y que cuando las vendas , puedes tener una plusvalía/minusvalía a declarar en el ejercicio que las vendas.
Si tienes minusvalías estas se compensaran con plusvalías de Perdidas y Ganancias ( No Rentas del Capital) y si no se compensaran se dejan pendientes otros CUATRO ejercicios posteriores , para compensarse con futuras plusvalías.
Como en el 2013 se cambia el criterio de periodo de generación de plusvalías/minusvalías , si estas acciones adquiridas en el canje , se venden antes del año desde su adquisición (Canje) , se integran sus plusvalías/minusvalías en la Base Imponible General y se pueden compensar con hasta el 10% de la Base Imponible General , si no hay plusvalías del mismo periodo de generación con las que compensar, al igual que siempre se tienen CUATRO ejercicios siguientes para compensar.
Saludos