Pues tendrás que tener un sistema que te permita registrar los datos del cliente indistintamente por la vía que te pague.
No sé como estás haciendo ahora las ventas, y desconozco los conocimientos de programación que tienes, pero si no te quieres complicarte mucho, con cualquier tienda online prefabricada podrías contemplarlo: PrestaShop, OpenCart, Virtuemart (extensión de joomla), WooCommerce (plugin de Wordpress), etc. Con cualquiera de estos prefabricados te permitiría: registrar los datos del cliente, gestionar pedidos, aplicar el IVA según domicilio del cliente, pagos por paypal, etc.
Hacer pagar IVA a un cliente que está exento (le estás incrementando el precio un 21%), a parte de que no le va a hacer mucha gracia, tendrás que gestionar devoluciones de los importes cobrados de más. Encima de la factura normal, tendrías que emitir facturas rectificativas.
"(...)De momento, aun no estoy dado de alta en Hacienda ni en ss, supongo que oficialmente hay que hacerlo desde la primera factura si no me equivoco... ¿y que pasa si dejo pasar los 30 dias que te dan demargen, te sancionan?(...) "
en la teoría si debes darte de alta antes de iniciar la actividad o en el mismo día.
" Fuente AEAT: Con carácter general, la declaración censal de alta deberá presentarse con anterioridad al inicio de las correspondientes actividades, a la realización de las operaciones, al nacimiento de la obligación de retener o ingresar a cuenta sobre las rentas que se satisfagan, abonen o adeuden.
Se entenderá producido el comienzo de una actividad empresarial o profesional desde el momento que se realicen cualesquiera entregas, prestaciones o adquisiciones de bienes o servicios, se efectúen cobros o pagos o se contrate personal laboral, con la finalidad de intervenir en la producción de bienes o servicios "
¿que volumen estás manejando?