El alta en hacienda (modelo 036 o 037) lo puedes presentar por internet si tienes certificado digital o dnie. o también puedes hacerlo presencialmente en papel impreso o el impreso comprado en la Administración. Presencialmente puede ser recomendable, en el inicio y si tienes dudas, porque ahí mismo puedes preguntar al funcionario y acabar de cumplimentarlo ahí.
El modelo 037 es un formato reducido, por lo que puede ser más sencillo de cumplimentar.
Cuando ya tengas listo lo del alta en hacienda, haces una fotocopia del alta censal, y sellada por la admon., y te vas a la administración de la seg.social, para darte de alta en RETA. Desconozco si se puede hacer este trámite online, pero tampoco tengo buena experiencia con la web de las seg.social. Nunca conseguí cambiar desde la web las cuentas bancarias de las domiciliaciones...me lo daba como bueno, pero siempre lo pasaban por la vieja cuenta. Es decir mejor, en persona.
Sobre el pago de autónomos: pagas el mes entero indistintamente el día que te des de alta. Por eso es mejor hacer las altas el 1 o a inicios, para aprovechar el mes entero...pagar por pagar
En hacienda "sólo" presentas las declaraciones (trimestrales, anuales....) SEgún el caso, serán más o menos. MArcará tus obligaciones según lo que marques en el alta censal. Las facturas no debes enviárselas. Tampoco los libros de registro, etc.