AEAT No aceptan facturas post certificado fin obra

Bueno, normalmente, en ese tipo de facturas, además de esos hitos figura la fecha en que se producen los mismos porque la factura muchas veces es posterior a los mismos.
Puedes ver el Reglamento de facturación (RD 1619/2012) y verás que el art. 6.1.i) dice que la factura debe incluir entre otras cosas:

i) La fecha en que se hayan efectuado las operaciones que se documentan o en la que, en su caso, se haya recibido el pago anticipado, siempre que se trate de una fecha distinta a la de expedición de la factura.

Al no poner esa fecha, Hacienda interpreta que es la misma que la de factura que, por tus comentarios, entiendo que es muy posterior. Ten en cuenta que según el art 11 la factura debe ser expedida en la fecha de la operación o a final de mes si es recapitulativa (art 13), aunque eso sería un incumplimiento simplemente formal de quien te ha facturado.