Elevación al integro por error en la retención IRPF practicada por la empresa

Sí, puedes hacer la elevación al íntegro.

Las consecuencias, nadie mejor que tú para calibrarlas. Es de suponer que a tu empresa no le hará ninguna gracia cuando le llegue el requerimiento de Hacienda.

Si las retenciones se han ajustado a las normas de retencion ( no a la solicitud de mayor retencion), entiendo que la empresa ha cumplido con sus obligaciones fiscales segun la normativa.

El que puedan atender una solicitud del empleado para que le retengan mas de lo estipulado fiscalmente es potestativo y no obligatorio.

Ademas no entiendo tu reclamacion porque no te han ocasionadoningun perjuicio economio, las retenciones son solo entregas a cuenta de la Liquidacón Final (Declaración) y en tu caso lo unico que ha ocasionado es un mayor valor del importe a pagar en DOS plazos y que no has pagado por adelantado.

Hasta economicamente te ha sido favorable.

Esto sin pensar en la poca gracia que puede hacerle a la Empresa que te comportes de esta forma.

Pero tuya es la decisión.

Saludos

Muchas gracias por vuestros comentarios. Os respondo sobre lo que me comentáis y es que la empresa no me ha retenido ni lo que legalmente estaba establecido. Cambiaron en octubre de aplicación de nóminas y creo que han habido errores en más retenciones de otros compañeros, no soy el único.
Deciros también, que no se trata de una pyme. Es una multinacional con sedes en España, Europa y Sudamérica.
Y por último, que si me perjudica tener que desembolsar en dos veces ese montante. Pretendo hacer la elevación al íntegro y que me lo vayan regularizando durante el 2017, si es posible.
¿como lo veis?

La elevación al íntegro como tal, creo que no es de aplicación. Mírate en detalle el 95.5 de la Ley IRPF.

Lo que sí, puedes reflejar las retribuciones íntegras (que coincidirán); y las retenciones que debieran habido practicar, aunque no lo hayan hecho.

La empresa, en caso que se las reclamen, tendrá acción de reembolso de parte o la totalidad de lo que hacienda le reclame. Tienen 1 año, desde la fecha "en que debieron ingresarse en hacienda" dichas retenciones.

Piensa que primero hacienda debe dar el visto bueno a tu planteamiento, y que tú, con cada liquidación de nómina ya tenías un documento donde las retenciones venían mal aplicadas. Perfectamente hacienda puede considerar que no es bastante con la petición "a priori" que le hiciste a la empresa, que deberías acreditar que también reclamaste "a posteriori", una vez que ibas viendo en las nóminas que no aplicaban correctamente la retención.

Si hacienda le da el visto bueno a tu planteamiento, le reclamará a la empresa las retenciones no practicadas, y dará por buena tu declaración. La empresa a continuación, podría reclamarte acción de reembolso del exceso de retribuciones percibidas, pero solo por las cantidades que estén dentro del año de vencimiento (previsiblemente las retenciones del 3T2016, vencimiento 20 de octubre de 2016, y 4T2016, vencimiento 20 de enero de 2017). Las multas, sanciones y recargos, si las hay, le corresponderán a la empresa. Debes tener en cuenta también que hacienda podría incluso considerar que tu autoliquidación es fraudulenta, y cascarte a ti una sanción.

Creo que el art correcto es el 99.5:

Cuando la retención no se hubiera practicado o lo hubiera sido por un importe inferior al debido, por causa imputable exclusivamente al retenedor u obligado a ingresar a cuenta, el perceptor deducirá de la cuota la cantidad que debió ser retenida.

Más que elevación al íntegro, procede aplicar las retenciones correctas, aunque no se hayan practicado. 

Muchas gracias por vuestras aclaraciones. Veo que lo mejor es que me rasque los bolsillos y declare lo retenido, porque no quiero que ni mi empresa ni yo tengamos que pagar recargos ni multas.
Me habéis ayudado mucho a tomar una decisión.