Entiendo que en porcentaje transmitido debes poner lo que se hereda en total, es decir, si es la mitad por ser un bien ganancial, pones 50%, si es la totalidad, el 100%. Eso sirve para coger del valor del suelo total, la parte que se transmite.
Luego debes poner el % que tu recibes, en pleno dominio o en el equivalente al pleno dominio calculado según te dije. En el ejemplo que puse, el 61% para el nudo propietario y 39% para el usufructuario.
No obstante, es la primera vez que veo esa calculadora, hablo según veo. He comprobado que la suma de lo que sale por separado con el 61 y el 39 coincide con lo que da al meter el 100%.