Exención por reinversión y posibles problemas en vivienda nueva

Hola
Tras vender vivienda habitual adquiero vivienda en construcción mediante compraventa en la que se estipula pago inicial, pagos por mejoras y certificaciones y un pago final previa presentación entre otra documentación del fin de obra, licencia de primera ocupación y cédula de habitabilidad. Firma prevista para cuando falten dos meses para que finalice el plazo de dos años desde la venta de la anterior vivienda habitual.
Ocurre que por problemas que pueden surgir con acometidas el plazo sea superado, es decir, puede que el constructor no cumpla plazos cargue con penalizaciones de contrato que serían un chiste en el caso de que se pierda por fuera de plazo la exención por reinversión.
La obra sí estaría acabada, de hecho el fin de obra del arquitecto es inminente.
¿Se perdería o cabe hacer algo?
Gracias.

El plazo de dos años es inexorable. Así que se perdería el derecho.

Entiendo que si o si es absolutamente imprescindible tener si o si la cédula de habitabilidad.
No valdría ni siquiera con tener el final de obra y licencia de primera ocupación o firmar ante notario la compraventa y dejar pagada la totalidad antes del final del plazo de los dos años a espera de esos documentos ???

Yo creo que si la adquisición de la vivienda está escriturada en plazo, se presume el cumplimiento.