Buenas Lili,
Te comento, el procedimiento sería el siguiente:
Antes de leer todo lo de abajo, te adelanto que me da la impresión de que te va a salir más a devolver a la hora de incorporar los atrasos, ya que si esas últimas nóminas te estaban reteniendo al 15% es más que probable que te devuelvan el íntegro de lo retenido, y ahora paso a explicarte.
1) Lo que te aparece en 2019 como atrasos del 2018 se tienen que declarar efectivamente en el ejercicio 2018, realizando una declaración complementaria de ese ejercicio. Con independencia de que estuvieras obligada o no a hacer la declaración, una vez que optas por hacerla y acceder a la devolución, si a posteriori hay datos de ese ejercicio que tienes que modificar porque no estaban incorporados, los has de modificar.
Las declaraciones rectificativas se diferencian en dos: las que te saldrían un menor importe a devolver o una mayor cantidad a pagar (es decir a favor de Hacienda) o las que te saldría un mayor importe a devolver o menor cantidad a pagar (es decir, a favor tuya).
Por lo que al hacer la declaración complementaria no implica que te vaya a salir una cantidad a pagar. Ya que esas cantidades que eran atrasos llevarán parejas sus retenciones, y si una vez hecha la declaración complementaria, el resultado sigue siendo a devolver todas las retenciones del ejercicio, pues también te devolverán las retenciones correspondiente a los atrasos de 2018.
En caso de que no, pues te tocará a tí devolver la cantidad que no te correspondía, que siendo una nómina solo, no debería de ser mucho importe. Sin datos y sin ver lo que te ponen, solo por lo que me dices, creo que lo más seguro es que de esa declaración complementaria, te salga una mayor cantidad a devolver, pero lo que sí está claro es que lo tienes que hacer. Siempre puedes entrar en el simulador de renta de 2018, incorporar todos los datos poniendo también los de los atrasos y ver lo que te saldría, y comparar con la declaración que hiciste, ahí verás si es más a devolver o menos.
Cuando hagas la declaración complementaria te pedirán el importe de lo que pagaste o te devolvieron. Te pongo un ejemplo:
Hiciste la declaración en 2018 y te salió a devolver 300 euros.
En 2019 en los datos fiscales aparecen los atrasos, que al incorporarlos en la declaración complementaria, en global, en el ejercicio 2018 te saldría a devolver 250.
Estás teniendo que pagar por la renta de 2018? No, te devuelven 250, solo que en 2019 al hacer la renta complementaria de 2018, tendrás que abonar esos 50 euros de diferencia.
Es decir, lo tienes que ver todo como un global del ejercicio, esto es, mirar cuanto te devolvieron en la declaración más lo que te salga la declaración complementaria, que puede ser mayor a devolver o menor a devolver.
2) Para 2019, haz la renta y mira si te sale a devolver. En ese caso preséntala, y exactamente igual, en 2020 aparecerán los datos de los atrasos que tendrás que presentar como complementaria del ejercicio 2019.
3) Independientemente de todo lo anterior, yo cogería las nóminas de 2018, me las pondría en la mesa y sumaría todas las cantidades, para ver qué cantidad he declarado en 2018 y qué han dejado fuera y voy a declarar como complementaria debido a los atrasos, vaya a ser que por cualquier casual declare doblemente las cantidades, ya que puede que existan errores en los certificados de retenciones (no es lo habitual, pero desgraciadamente a veces pasa).
Si sigues teniendo preguntas no dudes en escribirme, por PM si quieres.
Saludos.