Retencion practicada por la empresa correcta... pero sale a pagar - IRPF

Buenos días! Una duda que se me presenta hace un par de años y no encuentro respuesta. 
La empresa aplica la retención correspondiente por salario de un empleado, se verifica en la web de hacienda y La empresa jamás recibe ningún aviso de retención indebida por parte de Hacienda despues de presentar el resumen anual. 
El empleado, que no tiene hijos ni otros ingresos, en el momento de la declaración le sale a pagar (entre 60 y 195 euros según el caso). Evidentemente, hecha la culpa a la empresa por retención indebida... pero hacienda nos dice que está correcto. 
A qué se debe esa diferencia?

Gracias!

la retención no tiene por qué coincidir exactísimamente con lo que se paga al final en el IRPF. A veces se paga más, a veces se recibe devolución. 
Una causa puede ser que las retenciones se calculan con la misma norma en toda España, pero luego las comunidades autónomas pueden bajar o subir los tipos del IRPF, introducir distintas deducciones, etc.
 Con lo cual, 2 personas con el mismo salario y la misma situación personal, tendrían la misma retención, pero según donde vivan, puede ocurrir que a una le salga a devolver y a la otra a pagar.

Pues muchas gracias por la respuesta Bacalo. No pensé que las comunidades autonomas también tienen mano en el IRPF... lo voy a revisar por ese lado. Gracias!